Hjørring Kommune er præget af de to største åer Uggerby Å og Liver Å. Disse to åer og deres utallige tilløb er meget værdifulde med deres muligheder for kanosejlads og lystfiskeri og de har begge en høj naturmæssig og landskabelige værdi.

Ligesom morænebakkernes skråninger har de stejle dalsider ligget udyrkede hen i århundreder. Disse ådale eller canyons er meget vigtige som korridorer gennem det dyrkede landskab. De sidste strækninger af Flodbæk, Uggerby, Liver og Tversted Å og deres omgivelser er alle blevet fredet på grund af deres landskabelige og botaniske værdier.

I og omkring vandløbene er der et rigt dyre- og planteliv. Havlampret og bæklampret gyder i begge de store vandløb, og der findes odder ved stort set alle kommunens vandløbssystemer, og vandstær og isfugl kan ses ved bl.a. Uggerby Å, Boller Møllebæk og Kjul Å. I bunden af ådalene er der visse steder opstået rigkær med fx engblomme, vendsysselgøgeurt, trævlekrone og mange arter af star. Den fineste bunddyrsfauna findes i Skårup Møllebæk og Hunnerup Bæk, hvor der er fundet gul slørvinge, flere slørvinger af slægten Leuctra og vårfluen Sericostoma personatum. De to sidstnævnte arter findes også i Tislum Møllebæk, hvor der også er fundet stor klobille.