Mange af dem er dog under et stærkt pres, som især skyldes den meget kvælstof i luft, jord og vand og som især stammer fra industrilandbruget.

I de kystnære områder er belastningen ikke så stor som i indlandet, og det er da også her vi finder f.eks. de botanisk emestående områder ved Kærsgaard strand, Vandplasken og Nørlevkæret - det sidstnævnte blev fredet i 2015.

Af sjældne arter i Hjørring kan nævnes:

Rød glente.
Den røde glente har været ansvarsart for Hjørring Kommune siden 2007. Den genindvandrede til Vendsyssel i 1991, og i 2015 var der mindst 10 par i kommunen.

Hedelærke.
Er i tilbagegang i Europa og er derfor på fugledirektivet. God bestand i mosaik af skov, hede og overdrev.

Løgfrø.
Bilag IV art i tilbagegang i Europa. Fundet i indlandsklitterne, omkring Tolne og syd for Hjørring.

Markfirben.
Bilag IV art der især er knyttet til kystlandskabet. Er forsvundet de fleste steder inde i land pga. tilgroning.

Hedepletvinge.
Findes i Tversted Rimmer og Tolshave Mose, hvor der er mange djævelsbid.

Sortbrun Blåfugl.
Findes som det eneste sted i Danmark i grønsværsklitterne fra Nørlev til Skiveren. Arten er kritisk truet i Danmark.

Nikkende kobjælde.
På gullisten idet mere end 20 % af verdensbestanden findes i Danmark. Karakterart for indlandsklitterne.

Hvid Sækspore.
En af Europas sjældneste orkideer. Er fundet på et overdrev ved Tislum Møllebæk.

Vendsyssel-gøgeurt.
Findes kun i rigkær i Vendsyssel. På gullisten.